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DNA甲基化标记可预示脉络丛肿瘤侵袭性

编辑:INC|发布时间:2020-12-23 14:36|点击次数:
脉络丛肿瘤是一种罕见的中枢神经系统肿瘤。在这一肿瘤家族中,脉络膜丛癌(CPC)是一种恶性肿瘤,被世界卫生组织(WHO)归类为III级肿瘤...

  脉络膜丛乳头状瘤(choroid plexus papilloma, CPP)为良性肿瘤,分级为I级;非典型脉络膜丛乳头状瘤(atypical choroid丛乳头状瘤,aCPP)分级为II级肿瘤。CPTs占所有脑肿瘤的0.4%;然而,在儿童中,CPTs占所有儿童脑肿瘤的1 - 4%,其中高达20%发生在出生后的第一年。CPCs占所有[1]患儿脉络膜丛肿瘤的20 - 40%。区分这些肿瘤亚型以准确诊断是必要的,但可能是具有挑战性的。目前的诊断依赖于组织病理学特征的评估,即有丝分裂活性、细胞特性和核多形性,以及存在坏死和模糊的乳头状生长模式。虽然单纯手术切除后,CPPs的总体长期生存率相对较好(85-100%),但CPCs的侵袭性明显更强,复发倾向更大,即使在联合手术、化疗和放疗的情况下,也只有不到50%的患者存活。这些儿童大多小于3岁,这种疗法对生长发育和大脑发育的长期损害影响是巨大的担忧,强调了对这些年轻患者肿瘤进行更好的生物学风险分层的必要性。

  超过50%的CPC肿瘤携带TP53抑癌基因的体细胞突变,而TP53突变的CPCs已被认为与基因组不稳定性增加和预后不良有关。在约50%的CPC儿童中也观察到种系TP53突变,CPC现在被认为是Li Fraumeni综合征(LFS)的组成部分肿瘤。我们以前曾报道过cpt是高度不稳定的,并且拥有独特的染色体范围内收益和损失的模式。事实上,我们证明了CPCs与CPPs和aCPPs在拷贝数(CN)和基因表达上的差异。然而,尽管所有CPC患者都使用相似的治疗方案,临床结果却不尽相同,我们之前的研究结果表明,临床差异可能是由CPC分子异质性驱动的。为了提高预后预测,需要对cpt进行更准确的分子区分。DNAm识别新的、更多分子定义的肿瘤亚型的能力已经建立,并导致改善分层和针对各种癌症患者的治疗的特异性定制。

  最近,Thomas等人通过基于阵列的DNAm图谱确定了脉络膜丛肿瘤的三个临床明显亚群;然而,甲基化组并不能完全再现三种不同组织学定义的世卫组织实体。基于这些观察结果和我们之前报道的工作,我们对我们的CPT队列中的全基因组甲基化谱进行了详细分析,目的是确定更准确的CPT亚型分类。在本研究中,我们对CPTs中的DNAm进行了全面的分析,发现CPCs具有高度敏感性和特异性的DNAm标记,能够将CPC与其他CPT肿瘤以及其他脑肿瘤区分开来。该标记包括AK1、PER2和PLSCR4作为CPC的前瞻性诊断生物标志物和潜在的治疗靶点。

  我们在CPTs中生成了全基因组DNAm档案,以说明我们的假设,即表观遗传变化将与特定表型相关。我们采用了一种详细的方法来定义不同CPTs组DNAm特征的差异,并将其作为影响CPC发育和进展的表观遗传因素之一。

  将cpc特异性DNAm签名整合到仅基于组织病理学标准的现有生存预测中,可以显著改善对疾病预后的估计。当仅使用组织病理学标准时,7%的患者可被归类为低风险患者,而使用现有标准测量的复发频率与基于CPCs特异性DNAm标记的频率评估相比被低估。DNA甲基化分析可以将cpt在常规收集的材料中分为3个疾病亚组,而整合pct特异性DNAm签名可以显著改善预后风险预测,从而为知情的治疗决策提供依据,保护一些年轻患者免受由于激进治疗而造成的毁灭性和永久性神经损害。

  参考文献:Doi:10.1186 / s13148-019-0708-z

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