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问:胶质瘤基因检测有什么用?

编辑:INC|发布时间:2021-06-29 14:11
胶质瘤基因检测有什么用?神经胶质瘤是一种常见的原发性中枢神经系统肿瘤,起源于神经胶质细胞一].根据世界卫生组织(世卫组织)2007年的分类,根据侵袭性的程度,胶质瘤可细分为二...

  问:胶质瘤基因检测有什么用?

  答:神经胶质瘤是一种常见的原发性中枢神经系统肿瘤,起源于神经胶质细胞一].根据世界卫生组织(世卫组织)2007年的分类,根据侵袭性的程度,胶质瘤可细分为二级、三级和四级(多形性胶质母细胞瘤,GBM )。在“癌症基因组图谱”(TCGA)数据库中,二级和三级被归类为低级胶质瘤(LGG),四级被归类为GBM。尽管在包括手术切除、化疗和放疗在内的治疗方面取得了进展,但中位生存期和预后仍然很差,尤其是胶质母细胞瘤患者。GBM的平均总生存时间(mOS)约为1.25年,LGG为6.5-8年。因此,阐明胶质瘤的生存事件是重要的,这可能有助于胶质瘤患者的诊断和预后。

问:胶质瘤基因检测有什么用?

问:胶质瘤基因检测有什么用?

  与肿瘤进展相关的患者存活时间与肿瘤的不同亚型和分级有关。肿瘤亚型的组织学分类对指导治疗决策很重要,它通常与几种临床预后特征相结合。然而,在神经肿瘤学实践中,尚未就成人神经胶质瘤的诊断达成明确的全国共识,且诊断受观察者间差异的影响;仅利用组织学信息研究各种类型的胶质瘤受到限制。另一方面,以前的研究表明,基因表达谱提供了一种对肿瘤进行分类的客观方法;将基因表达谱而不是肿瘤组织学与预后联系起来更好。此外,它甚至可以用来从不同的角度预测病人的预后。对比2004-2016年公布的这些基因列表,观察到各个研究组鉴定的基因差异很大。这一观察表明,胶质瘤患者的总生存期与多种基因的不同表达谱引起的多种事件相关。因此,需要提取与胶质瘤相关的综合生存相关基因,研究人员有可能进行进一步的相关研究。此外,大多数以前的研究只利用微阵列数据集,而不是不同种类的数据集,如下一代测序(NGS)数据,来筛选基因的表达谱可能会有意想不到的数据偏差;一般来说,利用NGS检测基因特征可能比阵列数据更精确。

  神经胶质瘤中生存相关基因的鉴定在过去的十年中一直在进行。然而,我们的研究和其他不同的研究小组[14-29]确定的基因列表有相当大的差异;只有13个常见基因(BMP2、CLIC1、EST、IGFBP2、LDHA、LGALS1、MET、MSN、TGALN2、TIMP1、TNC、UPP1、ZYX)在至少3个研究中被鉴定出来。这些差异可能归因于两个主要因素。首先,研究人员从不同角度分析了胶质瘤数据集;例如,一些研究只在高级别胶质瘤患者[14,20,23 - 27,29],或LGG患者,或在有丝分裂梭形点或离子通道等特定检查点上进行了一些讨论。其次,研究分析了不同类型的数据集,这些数据集来自不同的高通量平台,如微阵列或下一代数据。由于技术上的限制,从不同的数据集中检测到的相同基因的表达谱可能不一致。例如,测序数据比阵列数据具有更高的随机可变性,这将导致短丰度或低丰度基因[40]缺乏read。另一方面,探针的交叉杂交、非特异性杂交、冗余和注释[41]会影响基因表达的微阵列数据。在大多数相关研究中,微阵列分析被选择为最初的筛选方法,而不是NGS。近年来,各研究小组开始以NGS数据(如RNA-Seq)为主要分析平台,以微阵列数据为辅助平台来验证结果。

  所鉴定的104个基因是GBM患者和LGG患者之间常见的基因,可作为与患者生存相关的核心基因。其中有10个基因(CTSZ、EFEMP2、ITGA5、KDELR2、MDK、MICALL2、map2 K3、PLAUR、SERPINE1、SOCS3)可以作为胶质瘤患者不同危险分组的指标,并可用于评估胶质瘤患者的预后。此外,这些潜在的生物标志物的表达谱可能与患者的分子亚型有关,如IDH1/2突变/野生型和染色体1p/19q共缺失/非共缺失。

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